二次革命即称讨袁之役、癸丑之役、赣宁之役。1913年3月20日，国会开会前夕，国民党代理理事长宋教仁被杀。4月，袁世凯又非法签定善后大借款，准备发动内战，消灭南方革命力量。孙中山看清袁世凯的反动面目，从日本回国，力主武装讨袁。

1912年2月，隆裕太后诏袁世凯组建临时共和政府，同盟会在南北和谈之际，早于隆裕太后的诏书成立临时政府。南方独立各省最终选举袁世凯为临时总统。1913年2月，中国首次根据《临时约法》的规定，进行国会选举。由同盟会为骨干组成的国民党获得议席最多，预备由宋教仁出任内阁总理。

1913年3月20日，宋教仁在上海沪宁车站遇刺，两天后去世。凶手在上海公共租界被捕获，陈其美势力称搜出与国务总理赵秉钧的通讯。当时种种证据，都指向袁世凯是暗杀背后的策动者。江苏都督程德全、民政长应德闳在收到租界会审公堂移交的证据后，把罪犯应桂馨和国务总理兼内务总长赵秉钧、内务部秘书洪述祖之间来往的秘密电报和函件的要点以“通电”的形式向海内外公布，迫使赵秉钧不得不发出公开电报为自己辩解。上海地方检察厅也公开传讯在位的国务总理赵秉钧。赵氏拒绝到上海应讯，但迫于社会舆论的强大压力，袁世凯批准他辞去总理，由段祺瑞代理。

孙中山于事发后即从日本返回中国，于上海开会，主张讨伐袁世凯。但国民党内意见不一，部分领导人(如黄兴)倾向使用和平手法，在不破坏临时约法之下以法律方法抗争。

1913年4月26日，袁世凯北洋政府向英、法、德、日、俄五国银行团签订借款合约，意图扩充军队。

5月初，国民党员江西都督李烈钧、广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚通电反对贷款。黎元洪居中斡旋，希望化解北京及国民党之争。6月，袁世凯动作频频，先是免除江西都督李烈钧、广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚三人的都督职务，之后又派北洋军第六师李纯部进入江西。