上海自贸区与广东自贸区最大的分别在于广东靠近港澳，广东自贸区把粤港澳深度合作与对接作为主打的特色。在金融方面，上海自贸区设立的自贸区账户，更多是考虑如何让境内企业和居民较自由地对外投资，可以视为一种“偏出型的资本账户部分开放”。而广东自贸区由于身边的香港已经形成了一个存款超过一万亿人民币的离岸人民币市场，因此在金融开放上会更多考虑如何让香港离岸的人民币通过一定的渠道，比如境外金融机构人民币贷款、基金等，回流到广东自贸区的在岸市场使用，因此可以称为一种“偏入型的资本账户部分开放”。
在行业开放方面，目前已经确定包括上海自贸区在内所有的自贸区使用共同的“负面清单”。但考虑到香港有世界一流的专业服务部门，包括金融、法律、会计、建筑、测量等，广东自贸区的初步规划中有多项促进粤港合作的条款，比如在多个领域暂停、取消或放宽对香港投资者的准入限制，推进粤港澳服务业人员执业资格互认或单边认可等。
在中央和地方协调机制上，前海率先成立包括中央23个部委在内的部际联席会议机制。后来扩展为广东前海南沙横琴部际联席会议机制。上海自贸区成立之初，也考虑过建立部际联席会议机制，但未成事。三个新自贸区成立之后，国家决定设立国务院自由贸易试验区工作部际联席会议制度，统筹各自贸区的工作。预计在这个机制下，各自贸区的整体开放步伐会较为统一。
