主要区别有以下五个方面：
1、材质不同：水晶是二氧化硅的结晶体，玻璃主要成分为二氧化硅和其他氧化物。而琉璃的成分比较复杂，其主要成分晓含氧化铅的水晶，由于颜色不同，所内含的金属元素也不同，但二氧化硅也是其中成分之一。
2、功效不同：玻璃广泛应用于建筑物，用来隔风透光。而水晶除装饰作用外，还有压电效应，有特殊的保健作用。琉璃是中国传统建筑中的重要装饰构件，通常用于宫殿、庙宇、陵寝等重要建筑，也是艺术装饰的一种带色陶器。
3、价格不同：水晶的单价要比玻璃高出几倍甚至几十倍。而琉璃属于价值不菲的艺术品。
4、物理性质不同：水晶是结晶体，具有较高的硬度(莫氏7级)，而玻璃的硬度较低，(莫氏5.5级)，水晶可以在玻璃上划出痕迹，反之则不能。琉璃的硬度比较强，相当于软玉的强度，但也比较脆，不能用力拍打或碰撞。用偏光镜区别，水晶能透光，而玻璃则不能，而琉璃的光泽度没有玻璃、水晶那么明亮。
5、加工工艺不同：玻璃可以热铸成型，省料省工成本低。水晶是结晶体，加热融化后不能逆转，所以不能用热铸成型法，只能用切磨等冷加工法，费料费工，成本高。琉璃是青铜铸造高温脱蜡、高温手工成型。成本高，加工程序复杂。