当过滤器变脏时，水的流速会变慢而无法打开或关闭反冲洗阀。当水以这种慢流速打开反冲洗阀时，阀门在接到关闭信号之前才能完全打开，这表明过滤器没有得到适当冲洗，这种压力使得污物进入叠片凹槽更深处，并导致过滤器组不断进行反冲洗过程，而影响系统工作压力。
一般情况下，对过滤器用清水进行定期清洗即可，但污物很多时，可采取以下几种方法来清洗：
（1）盐酸（HCl）和双氧水（HO）处理
①清洗锰、铁和碳酸盐沉淀物。
②清洗有机物和生物残留物。
（2）氯化铵溶液
此处理只用于出现锰沉淀问题的过滤器。将叠片放入10%的氯化铵溶液内，时间很短（数秒钟）就可洗干净。