相传万州烤鱼创作于晚清时期重庆名厨叶天奇的女儿之手，叶家家法厨艺传男不传女，但叶大厨的女儿天资聪颖，偷师学艺，在春宴上以一道烤鱼技惊四座，这便是万州烤鱼的“出生”故事。后来她得到父亲的认可，遂学得叶家真传，逐步将此菜肴完善，发展流传至今。当然这只是口耳相传的传闻罢了。那么万州烤鱼是否有真正可考的历史渊源呢？
关于万州烤鱼的历史渊源，蓝勇先生的《巴蜀江湖菜》中《万州烤鱼历史调查报考》一文对此做出了较为详细的梳理，其中引述张茜《移民视角下的万州烤鱼》一文中对万州烤鱼渊起和发展时提及万州烤鱼源自于巫溪烤鱼说：以前小三峡的纤夫们拉纤饿了就近叉鱼在岸边烤了吃，纤夫们烤的鱼太多了就带回家，妻子们加热这些剩下的烤鱼又加了一些调料，这样就形成了最开始的“万州式烤鱼”。
关于万州烤鱼的起源还有一种说法，认为万州烤鱼是本地特产，相传万州烤鱼有几百年的历史，当地老百姓充分借鉴了传统川菜和火锅的工艺、用料特点，形成了万州烤鱼独特的风格特色。但尚未有其发展脉络的详细叙述。而万州地区除了万州烤鱼外，源于此地的还有一种名气较小的“诸葛烤鱼”流传至今，但始终冠名以“诸葛烤鱼”。